Aiemmin jaavansarvikuono eli sekä Intiassa että useassa Kakkois-Aasian maassa, mutta sen jälkeen kun lajin viimeiset Vietnamin yksilöt ammuttiin, vain Indonesiassa 67 sarvikuonon populaatio on jäljellä. Salametsästys- Leviävä asutus ja maanviljely ovat vieneet elintilan.
Jaavansarvikuonon elinympäristö on tulivuori Anak Krakataun varjossa sijaitseva Ujung Kulongin luonnonpuisto. Joulun ajan tsunami iski puiston ja läntisen Jaavan pohjoisrannalle. Hyökyaallon jäljiltä on toistaiseksi, ennen pääsyä vaikeakulkuisimpiin kyliin löydetty 430 kuollutta ihmistä.
Koska jaavansarvikuonot elävät puiston etelärannalla, ne säilyivät vahingoittumattomina. Jos uusi tsunami iskee, pelätään sen vaikutusten ulottuvan myös sarvikuonoihin.
Indonesian sarvikuonoja suojelevan säätiön (YABI) edustajien mukaan jaavansarvikuonoille etsitään uutta elinaluetta, jotta kokonaista nisäkäslajia ei menetettäisi. Säätiössä on ajateltu myös, että vain osa sarvikuonoista siirrettäisiin muualle. Uuden elinympäristön löytäminen ei kuitenkaan ole helppoa.
Vähintään 5[nbsp]000 hehtaarin alueen lisäksi sieltä pitäisi löytyä 200 eri kasvilajia, runsaasti vettä, sopiva maaperä ja ympärivuotinen kosteus. Lisäksi alueella leviävistä taudeista pitäisi olla täysi tietämys ja läheisten asuinyhteisöjen kanssa olisi löydettävä yhteisymmärrys.
Indonesian hallituksen edustajat ovat jo vuosia etsineet jaavansarvikuonolle toista elinaluetta He ovat tutkineet kymmenen eri elinympäristöä ja löytäneet vain yhden mahdollisen. Ongelmana on kuitenkin armeijan harjoitusalueen läheisyys. Joulun ajan tsunami on saanut aikaan uutta liikettä etsintöihin.
Maailmassa elää vielä viisi sarvikuonolajia. Neljä muuta runsaamman populaation omaavaa lajia ovat intiansarvikuono, sumatransarvikuono, pensassarvikuono ja isosarvikuono.
Jaavansarvikuono on kooltaan pienin. Se voi elää 40-vuotiaaksi ja on suurimmillaan neljän metrin pituinen. Vailla pysyviä sarvia elävän naaraan kantoaika on jopa 16 kuukautta ja ne voivat synnyttää yhden poikasen 2-3 vuoden välein.