Meneillään on muun muassa tutkimuksia, joissa ulosteensiirtoja kokeillaan ärtyvän suolen oireyhtymän, tulehduksellisten suolistosairauksien ja jopa autismin hoidossa.
British Medical Journalissa julkaistussa pääkirjoituksessa tutkimusnäyttöä pidetään riittävänä Clostridium difficilen aiheuttamien toistuvien infektioiden ja ripulien osalta.
Tutkimusten mukaan uusiutuvan Clostridium difficile -infektion ja ripulin hoidossa ulosteensiirrot tehoavat 80–90 prosentissa tapauksista, kun antibiootit auttavat vain 20–25 prosenttia potilaista. Toistuvana Clostridium difficile -infektiot voivat pahimmillaan johtaa kuolemaan.
Muiden sairauksien osalta tutkimustieto on vielä vähäisempää. Vielä ei myöskään ole selvyyttä, mitkä monista eri siirtotavoista ja menetelmistä ovat tehokkaimmat.
Vaikka ulosteensiirrot ovat turvallisia, tiedossa on muutamia tapauksia, joissa potilas on esimerkiksi lihonut selittämättömästi ulosteensiirron jälkeen. Tällaisten tapausten vuoksi ulosteensiirron saaneita pitäisi seurata tarkoin.
Ulosteensiirtoja on tutkittu Clostridium difficile -infektion hoidossa myös Suomessa ja hoitotulokset ovat olleet erittäin hyviä. Siirteet saadaan yleensä lähiomaisilta. Ulosteensiirron teho perustuu suoliston bakteerikantojen normalisoitumiseen.