Ala-Koitajokeen siirretyt lohet ovat kuteneet niille tehtyihin kutusoraikoihin useilla eri koskialueilla. Mäti on selviytynyt hyvin, ja luonnossa syntyneitä poikasia on Luonnonvarakeskuksen mukaan havaittu monilla kunnostetuilla alueilla. Muutamilla alueilla poikastiheydet ovat keskuksen mukaan olleet jopa ennätyksellisen suuria.
Ala-Koitajoki oli aikoinaan yksi tärkeimmistä Saimaan järvilohen kutujoista. Järvilohen poikasten tarvitsemat ranta-alueet ovat kuitenkin olleet kuivina 1950-luvulta saakka, kun valtaosa Ala-Koitajoen vedestä ohjattiin Hiiskosken padolla Pamilon voimalaitokseen.
Koska muutkin järvilohen kutujoet on padottu ja rakennettu, järvilohella ei Luonnonvarakeskuksen mukaan ole enää vuosikymmeniin ollut luontaista kutumahdollisuutta.
Keväällä 2013 aloitettiin veden lisäjuoksutus Ala-Koitajoen vanhaan uomaan seitsemän vuotta kestävän koejakson ajaksi. Tänä aikana Ala-Koitajoen koskia kunnostetaan, jotta järvilohen luontainen lisääntyminen joessa jälleen onnistuisi.
Poikasalueiden ja kutusoraikkojen kunnostustyötä jatketaan tänä keväänä useilla koskialueilla. Pamilonkoskelta löydettiin viime syksynä toistakymmentä lohen kutupesää, ja nyt koskea kunnostetaan lennättämällä helikopterilla kosken alaosaan soraa. Hiiskoskella, Räväkkäkoskella ja Tiaisenkoskella tehdään kaivinkoneella matalia poikasille sopivia rantasoraikoita.