Rinne on kohdistanut kaikki korkeakouluja koskevat leikkaukset yliopistoille, vaikka kevään kehysriihessä sovittiin, että leikkaukset kohdistuvat tasapuolisesti sekä yliopistoihin että ammattikorkeakouluihin puolittamalla yliopisto- ja ammattikorkeakouluindeksit.
Budjettiehdotuksen mukaan yliopistojen valtionrahoitukseen kohdistuu 19 miljoonan euron säästöt, ja lisäksi Suomen Akatemiaan vielä 5 miljoonan euron säästöt.
Hallituspuolueiden kesken oli jo aiempien säästötoimenpiteiden yhteydessä sovittu yliopistojen ja ammattikorkeakoulujen indeksikorotuksen puolittamisesta vuoden 2015 osalta, jonka säästövaikutus olisi ollut 16,5 miljoonan euron säästöstä sekä Suomen Akatemiaan kohdistuvasta miljoonan euron säästöstä.
Valtiovarainministeri Rinne on kuitenkin lisännyt yliopistoihin kohdistuvia leikkauksia omassa ehdotuksessaan kuudella miljoonalla eurolla, joista 2 miljoonan lisäsäästöt kohdistuvat valtionrahoitukseen ja 4 miljoonan lisäsäästöt Suomen Akatemiaan.
Hallitusohjelmassa sovittiin, että budjettikehysten niin sanotusta jakamattomasta varauksesta kohdistetaan yliopistoille lisärahoitusta. Rinteen ehdotuksessa tämä on tarkentunut 10 miljoonan euron lisäykseksi, joka vaikuttaa kertaluontoisesti vain ensi vuoden menoihin.
Sen sijaan Rinteen budjettiin ujuttamat yliopistojen lisäleikkaukset ovat pysyviä yliopistojen toimintaan kohdistuvia menoja.
Yliopistojen leikkausten ohella Rinteen budjettiesitys leikkaa työ- ja elinkeinoministeriön hallinnonalaan kuuluvista Tekesin kautta kohdennettavista tutkimus-, kehitys- ja innovaatioavustuksien valtuuksista viime vuoteen nähden 70 miljoonaa euroa, mistä Rinne on lisännyt aiemmin sovittuja leikkauksia 30 miljoonalla eurolla.
