Isojoen pääuoman ja sivujokien alaosien vaeltavat taimenet eroavat Luonnonvarakeskuksen DNA-tutkimuksen perusteella vesistön ylempien osien paikallisina elävistä taimenkannoista.
Tutkimuksen pohjalta Isojoen vesistöalueelle on laadittu hoitosuositus, jossa otetaan huomioon taimenkantojen perinnöllinen erilaistuminen.
Luonnonvarakeskuksen mukaan suosituksen avulla pyritään ohjaamaan meritaimenen istutukset ja muut taimenen hoitotoimet vesistössä niin, että taimenkannat voidaan säilyttää elinvoimaisina, riittävän monimuotoisina ja erillisinä omassa ympäristössään.
Taimenille pitää suosituksen mukaan turvata jokaiseen hoitoyksikköön tarpeellinen määrä kutualueita ja riittävä määrä lisääntyviä kutupareja.
Rannikoiden meritaimenkannat on arvioitu vuoden 2010 luokituksessa äärimmäisen uhanalaisiksi ja muut eteläisen Suomen taimenkannat erittäin uhanalaisiksi. Selkämeren rannikolla sijaitseva Isojoen vesistö on Luonnonvarakeskuksen mukaan harvoja jäljellä olevia meritaimenvesistöjä Suomessa.