Ilkka Kanerva ilmoitti huhtikuussa 2012 jättävänsä maakuntaliiton hallituksen saatuaan ehdollisen tuomion niin kutsutussa Nova-jutussa. Kesäkuussa 2013 hovioikeus vapautti Kanervan kaikista syytteistä.
Niin ikään korkein oikeus päätti huhtikuussa, ettei se myönnä valituslupaa vaalirahoitusta koskeneessa Nova-asiassa.
Varsinais-Suomen kokoomuksen hallitus totesi kokouksessaan, että ”koska kaikki Kanervaa koskevat epäilyt on puhdistettu ja asia loppuun käsitelty, on luonnollista, että hän jatkaa maakuntaliiton hallituksen johdossa”.
Maakuntahallituksen nykyinen puheenjohtaja, kansanedustaja Petteri Orpo (kok.) jättää maakuntahallituksen puheenjohtajan tehtävän tultuaan valituksi maa- ja metsätalousministeriksi. Uusi puheenjohtaja valitaan joulukuussa maakuntavaltuuston seuraavassa kokouksessa.
Euroopan turvallisuus- ja yhteistyöjärjestö Etyjin parlamentaarisen yleiskokouksen presidenttinä toimiva Kanerva on parhaillaan kolmipäiväisellä Ukrainan kriisiä koskevalla neuvottelumatkalla Moskovassa.
Kanerva on myös Turun kaupunginvaltuutettu.