Neuvostoliiton hajoamisen jälkeen 1990-luvulta kehittynyt Suomen ja Venäjän tiedeyhteisöjen vapaa yhteistyö on presidentti Vladimir Putinin kaudella huomattavasti vaikeutunut.
Etenkin Kremlin hallinnon vuonna 2014 alkanut ”ulkomaisten agenttien” nimeäminen on kasannut yhteistyölle lisää esteitä.
Viime vuosina vain harva suomalainen tai muista EU-maist a tuleva tieteentekijä on osallistunut Venäjällä järjestettyihin yhteiskuntatieteitä käsitteleviin konferensseihin. Sen sijaan luonnontieteiden puolella länsieurooppalaisia kuunnellaan Venäjällä enemmän.
Venäjä ei enää virallisesti kiellä ilmastomuutoksn etenemistä ja esimerkiksi professori Markku Kulmala on ollut siellä hyvin kysytty asiantuntija. Silti maan hallinnossa vaikuttaa edelleen konservatiivinen ryhmittymä joka tahtoo esittää ilmastomuutoksen olevan vain lännessä juonittu salaliiitto.
Helsingin yliopiston Aleksanteri-instituutti tuki aiemmin Venäjän itsenäisen sosiaalitieteiden instituutin työtä. Venäjän opetusministeriön asetettua yhteistyölle valvojat, instituutti on kieltäytynyt ottamasta rahoitusta vastaan .
Yhteistyötä tekemässä olleen emeritus-professori Markku Kivisen mukaan kyse ei ole vain riippumattoman tieteen tekemisen vaikeutumisesta vaan myös instituutin työntekijöiden turvallisuudesta. Kivisen mukaan työntekijät eivät voi olla varmoja siitä, millä tavoin opetusministeriö yhteistyöohjelmaa valvoisi ja osallistuisiko myös tiedustelupalvelu FSB valvontaan. Tällöin yhteistyön seurauksena saattaisi olla jopa vankeustuomio venäläisvastaisen propagandan tekemisestä.
Kivinen kertoo Aleksanteri-instituutin tuoneen Koneen säätiön rahoituksella venäläisiä tohtoriopiskeliojoita Suomeen vaitöskirjojaan tekemään. Opiskelijat olivat joutuneet lopettamaan työnsä Venäjällä, kun hallitus sulki muutamaksi vuodeksi Pietarin eurooppalaisen yliopiston.
Suomesta sosiaalititeiden itsenäistä instituuttia rahoittaa edelleen Koneen säätiö. Tämä on ollut mahdollista siksi, että Venäjän viranomaiset ovat toistaiseksi tulkinneet säätiön olevan yksityinen rahoittajataho, jolloin kyse ei ole toisen valtion puuttumisesta Venäjän asioihin.
Kremlin ulkomaisiksi agenteiksi nimeämille järjestöille ei ulkomainen säätiörahoituskaan ole enää mahdollinen.